Durante el incanato se estableció el poblado de “Hatun Xauxa”, la antigua Jauja. Uno de los episodios más notables que la tradición oral ha rescatado fue la masacre que el Inca Pachacútec infligió a los huancas de la zona que se levantaron contra el imperio.

La tradición señala que el inca ordenó la mutilación de las dos manos a todos los varones xauxas y la mutilación de la mano derecha a todas las mujeres. Ese episodio tuvo lugar en la pampa de Maquinhuayo, a escasos cinco kilómetros al sur de la actual ciudad de Jauja.

Durante el viaje de los conquistadores hacia la ciudad del Cusco, Francisco Pizarro decidió la conveniencia de fundar una ciudad que sirviera como cabecera o capital de los territorios que estaba descubriendo.

De esa manera, el 25 de abril de 1534, Pizarro funda la ciudad aprovechando el amplio valle en el que se ubicaba (el más ancho de toda la Cordillera Andina. La fundación se realizó bajo el nombre de “Santa Fe de Hatun Xauxa” utilizando la denominación quechua que los incas otorgaron a la localidad.

Los españoles establecieron la ciudad como la primera capital del Virreinato del Perú aunque luego, con la fundación de la ciudad de Lima, se mudó la capital a dicha localidad para aprovechar la cercanía al puerto (actual puerto de El Callao). Esto debido a la importancia que tenía para los conquistadores la comunicación marítima con la metrópoli.

Durante la colonia, Jauja pasó a formar un corregimiento dependiente de la intendencia de Tarma, que era la principal ciudad de la zona. Posteriormente fue el pueblo de Huancayo que fue tomando importancia. Durante esta época, Jauja fue reconocida por su clima seco, especialmente beneficioso, según la medicina de la época, para los enfermos de las vías respiratorias y tuberculosis.

El hospital de Jauja acogió a muchos residentes españoles que venían desde la capital e incluso la misma metrópolis para atenderse en la ciudad.