La construcción de las catacumbas en la Iglesia de San Francisco  se desarrolla de acuerdo a la transformación de la iglesia. Así, antes de 1656, las bóvedas sepulcrales eran independientes e incomunicadas entre si como en las demás iglesias limeñas, se hallaban bajo las naves laterales, cerrados y de propiedad de patrones y cofradías.

Con la construcción de la nueva iglesia, se abrieron los cimientos de los pilares, se excavaron todo el sector central del crucero y de la nave central. Allí se fabricaron las nuevas sepulturas en recintos sobre los pilares, y dos largos corredores paralelos bajo la nave central, así mismo, comunicaron estos espacios con las antiguas bóvedas sepulcrales independientes de las capillas mediante la rotura de los muros y pasadizos.

De esta manera, quedó conformado totalmente lleno el laberinto unificado de las catacumbas de San Francisco (San Cristóbal, 1983 c, 1988). El área total de estas criptas no se ha llegado a determinar aún y se cree posible que exista una comunicación entre sus galerías con el Palacio de Gobierno y la cercana estación de Desamparados.

Hay una cripta a la cual se le conoce con el nombre de cripta de los Venerables, allí reposan los restos de Fray Juan Gómez a quien inmortalizó Ricardo Palma en sus famosas Tradiciones Peruanas con la versión del “Alacrán de Fray Marqueses de Torre Tagle, quien falleció el 2 de Agosto de 1780 y de Fray Andrés Corso unos de los fundadores del Convento de los Descalzos..

También se halla sepultado en ese lugar el Padre Fray José Mojica, famoso artista mejicano de cine y cantante de ópera, quien falleció en Lima el 20 de Septiembre de 1974.