Su construcción se inició en 1535 por decisión del conquistador español, Francisco Pizarro, quien puso la primera piedra para construir la Iglesia Matriz de la ciudad de Los Reyes. La Catedral de Lima fue construida por Francisco Becerra en estilo gótico tardío y precisamente algunos rasgos constructivos son comunes entre las catedrales mejicanas y peruanas ya que se debe a la participación de este mismo arquitecto: Francisco Becerra.

Estas analogías se hacen más estrechas entre las de Lima y Cuzco, cuya planta tiene forma rectangular y consta de tres naves y dos capillas laterales. Su construcción que constaba de un sencillo templo, fue concluido en 1540, pero con el correr del tiempo la Catedral de Lima sufrió muchas modificaciones, debido que los desastres naturales que azotaban la capital dejaban grandes daños en su estructura, una de las reconstrucciones importantes fue la de 1622.

El sismo de 1746 volvió a causar grandes daños, debido a esto su reconstrucción tuvo que darse en tres partes culminando en su totalidad en 1778, y entre 1794 y 1797 se construyen las torres del campanario. Es en 1898 que se inaugura la Catedral en la estructura que se mantiene ahora en la actualidad, y el 28 de Mayo, 1921 se le reconoce como Basílica Menor, con el nombre de Catedral Basílica San Juan Apóstol y Evangelista.

En el 2004 Año del Cuatricentenario de su consagración, se culminaron delicados trabajos en su restauración y obras de arte, así como una mejor iluminación en su fachada, esto gracias al apoyo del cardenal Juan Luis Cipriano y la empresa privada nacional y extranjera.