Luego, durante el famoso Combate del 2 de Mayo, el fuerte fue una de las principales líneas defensivas peruanas contra la flota española, pero durante el combate el torreón de la Reina fue alcanzado por una granada matando al ministro José Galvez, entrando en combate el “cañón del pueblo” (Un enorme cañón situado aún frente al fuerte), aún queda en la puerta una pequeña parte del arco que está dañada, sobre esa parte hay una inscripción que dice que en esa área cayó un proyectil enemigo.

Una de las zonas más impresionantes es el “Caballero de los Doce Cañones” que, al igual que los torreones, tenía capacidad de convertirse en un fuerte impenetrable en caso de la ocupación del atacante, al cual se le podía contraatacar desde allí. El “caballero” del Real Felipe está en la parte alta de la “Casa del Gobernador”. El nombre se debe al armamento que utilizaba: doce cañones que apuntaban hacia los cuatro lados; además de tres líneas de retirada, cada una con cañones apuntando contra los invasores.

La “Casa del Gobernador” era el lugar de alojamiento del jefe militar de la plaza. Tenía tallados en su frontis los escudos de los reyes de España. Hoy se exhiben allí objetos pertenecientes a diferentes épocas militares, desde la incaica, pasando por detalles de la colonia, los próceres y precursores de la Independencia del Perú hasta los héroes republicanos.

Finalmente, están los dos torreones. Por un lado, el de la Reina, considerado dentro del esquema defensivo del Real Felipe, al igual que el del Rey, como una fortaleza dentro de la fortaleza. Esta zona estaba equipada con depósitos de municiones, provisiones y hasta con un pozo con agua. Posee un calabozo semicircular en el que los detenidos permanecían de pie todo el tiempo.

El “Torreón del Rey” cuenta con tres niveles (base, machón y mirador), en dos de los cuales hay plataformas con cañones; la primera con 24 de fierro y la segunda con ocho de bronce. El interior era un laberíntico que poseía todo lo adecuado para resistir cualquier ataque. El puente de acceso levadizo completaba la seguridad.

Al igual que el torreón de la Reina, el del Rey fue modificado en la guerra del Pacífico, eliminándose los niveles superiores y montándose dos plataformas para cañones giratorios. El tiempo hizo su papel y lo dejó en ruinas, pero ha sido restaurado recientemente a su forma original