La ocupación humana de Lima no se remonta a la fecha de su fundación española en 1535, su territorio, constituido por las partes bajas y medias de los valles del Chillón, Rímac y Lurín, guarda una larga historia prehispánica que data desde hace 12000 años.

Numerosos sitios arqueológicos son testimonio de las expresiones culturales de las antiguas sociedades prehispánicas, asentadas en ese espacio geográfico, ahora ocupado por una creciente urbanización. El crecimiento desordenado de la ciudad ha causado la destrucción de muchas “huacas” y se ha perdido irreversiblemente una valiosa información para el conocimiento histórico milenario sobre el poblamiento de Lima.

En 1999 se inició el Proyecto Arqueológico Huaca San Marcos, contando con el apoyo inicial de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Así se hizo posible la investigación, conservación y puesta en valor de uno de los sitios más destacados del proceso cultural prehispánico de Lima. La Huaca San Marcos encierra un alto valor por la monumentalidad de sus construcciones y el contexto cultural de su arquitectura edificada por la sociedad Lima, cultura de gran complejidad, que se desarrolló en la costa central del país durante 500 años, entre el 150 y el 650 d.C.

La Huaca San Marcos forma parte del Complejo Arqueológico Maranga que abarca numerosas pirámides, recintos, caminos amurallados, acequias y plazas, ubicada en la zona comprendida entre las avenidas Colonial por el norte, La Marina por el sur, Universitaria por el este y Faucett por el oeste.

Actualmente esta gran zona arqueológica se encuentra muy destruida debido al avance urbano de la ciudad de Lima al haberse edificado la Universidad San Marcos, el Hospital Naval, la Universidad Católica, el Parque de las Leyendas y las urbanizaciones colindantes.