La comunidad del manglar en Tumbes está tipificada por cuatro especies de mangle : el mangle rojo (Rhizophora mangle), el mangle sa-lado (Avicennia germinans), el mangle blanco (Laguncularia racemosa), y el mangle botón (Conocarpus erectus) así como otras 40 variedades botánicas.

Estos manglares son el hábitat apropiado, y en muchos casos único, para una amplia gama de especies. En cuanto a la fauna acuática, existen 33 especies de caracoles, 34 de crustáceos, 24 de moluscos con concha y 105 de peces, muchos de ellos de importancia comercial.

También encontramos más de 200 especies de aves -muchas de ellas únicas y en peligro de extinción-, como garzas de diferentes especies o el ave fragata (fregata magni-ficens) y mamíferos de distribución restringida y en situación rara o amenazada, como el perro conchero (Procyon cancrivorus), la nutria del noroeste (Lutra longicaudis), el oso manglero o mapache (Procyon cancrivorus), sin olvidar el [[cocodrilo americano].

Hoy en día este santuario ha adquirido su importancia dado que es la única muestra representativa de los bosques de manglares en Perú. Es más, no sólo proporciona leña, estacas y puntales, sino que también es una barrera natural contra la erosión que producen las olas y mareas. Además, al producir una enorme cantidad de sedimentos y materia orgánica le va ganando terreno al océano.

También, como hemos dicho antes, allí se encuentran recursos que extraen los pescadores artesanales para la alimentación de la población local y constituyen un refugio para el cocodrilo de Tumbes (Crocodylus acutus) o cocodrilo americano, especie que se encuentra en vía de extinción.

Desarrollar un turismo sostenible es de vital importancia para su conservación y la de los pescadores artesanales que pueden hallar una fuente extra de ingresos y minimizar su impacto a la vez que conservan sus métodos tradicionales. Además un sector turístico fuerte y organizado sosteniblemente puede competir con las langostineras y ayudar a conservar el lugar.

Las principales amenazas al Santuario Nacional Los Manglares de Tumbes son la presencia de langostineras, que deforestan afectando el hábitat y contaminan con efluentes, la excesiva extracción de recursos naturales como conchas y cangrejos, la generación de basura en los poblados, y la contaminación por desagües domésticos y químicos de la actividad agrícola.

Otras amenazas principales incluyen la deforestación del bosque y matorral adyacente a los manglares por la actividad agropecuaria, el incremento del turismo desordenado, y la influencia negativa del fenómeno de El Niño que altera patrones de los ecosistemas afectando a los manglares.