El objetivo principal del Santuario Nacional Los Manglares de Tumbes es proteger y conservar estos manglares como única muestra representativa de este ecosistema y a la fauna que allí habita, principalmente los invertebrados acuáticos.

En cuanto a la fauna acuática, existen 33 especies de caracoles, 34 de crustáceos, 24 de moluscos con conchas y 105 peces que son recursos que extraen los pescadores artesanales para la alimentación de la población local.

Estos manglares son también refugio para el cocodrilo de Tumbes (Crocodylus acutus), especie que se encuentra en vías de extinción.