Las criptas de la Iglesia de San Francisco han cobrado fama con el nombre de catacumbas por similitud con las romanas, son una serie de bóvedas subterráneas(debajo de las capillas de la iglesia), éstas se emplearon hasta principios del siglo XIX. Sirvieron de sepultura a miembros de cofradías y hermandades.

En 1947 fueron abiertas sus galerías y pasajes que se encontraban tapiados, para efectuar trabajos de excavaciones, limpieza e instalaciones de luz, tres años después en 1950 las catacumbas quedaron abiertas al público.

En su extenso recorrido se aprecia techos abovedados o planos unidos por pasajes y arcos de medio punto. Construidas con ladrillo y cal y canto, en el piso de ellos se encuentran sepulcros rectangulares donde los féretros eran colocados unos sobre otros, separados por tierra y cal viva, la cal acelera el proceso de descomposición, evita principios de epidemias y malos olores.

Durante todo el recorrido de las catacumbas se repite mucho la vista de cráneos, fémures, tibias y peronés, por lo que constituyen las partes más resistentes del cuerpo humano.

Existen también pozos u osarios que tienen la finalidad de absorver las ondas sísmica y cuya profundidad es de diez metros. El año de 1808 fue ignaurado el Cementeno General “Presbítero Maesto”, y el año de 1821 don José de San Martín, prohibió el uso de las catacumbas.

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La Iglesia de San Francisco, situada en el centro de Lima,es un monumental complejo arquitectónico construido en el siglo XVII y está compuesto por la basílica y el convento de San Francisco, así como por el Santuario de La Soledad y la capilla de El Milagro.

El templo ostenta una riqueza decorativa del barroco limeño, destacando las labores de molduras y sus retablos barrocos, rococó y neoclásicos, entre ellos destaca el altar de San Judas Tadeo, completamente realizado en plata.

En el Convento vivió muchos años el Taumaturgo de América San Francisco Solano, se conserva su retrato post-mortem y la Capilla-Santuario en el cual falleció el 14 de Julio de 1610. Durante la visita se pueden apreciar sus claustros, sus patios adornados con azulejos sevillanos y la biblioteca.

Bajo este complejo hay una red de galerías subterráneas o catacumbas que fueron cementerio principal en la época colonial y que también pueden ser visitadas. Este convento está a cargo de los Franciscanos de los Doce Apóstoles.

El complejo arquitectónico de San Francisco fue construido por partes, entre los años de 1537 y 1673, está dividido en tres partes: El templo, el Convento y las Catacumbas, además tiene una bella fuente en su patio interior. Las criptas de San Francisco han cobrado fama con el nombre de catacumbas por su similitud con las catacumbas romanas. Las Catabumbas se encuentran debajo de la capilla de la iglesia y se emplearon para enterrar a los muertos hasta el siglo XIX.

En 1808 fue inaugurado el Cementerio General “Presbítero Maestro”, desde entonces se prohibieron los entierros en las criptas de las iglesias para evitar epidemias. Dentro de las catacumbas están enterrados 25 000 personas. En 1947 sus galerías y pasajes, que hasta entonces habían estado tapiados fueron abiertos para realizar trabajos de limpieza pero recién en 1950 se permitió el ingreso al público.

En su extenso recorrido se aprecia techos abovedados o planos unidos por pasajes y arcos de medio punto. Construidas con ladrillo, cal y canto, en el piso de ellos se encuentran sepulcros rectangulares donde los féretros eran colocados unos sobre otros, separados por tierra y cal viva. La cal acelera el proceso de descomposición y evita principios de epidemias y malos olores.

Durante todo el recorrido de las catacumbas se puede ver cráneos, fémures, tibias y peronés, pues estas son las partes más resistentes del cuerpo humano y resisten el paso del tiempo. También existen pozos u osarios que tienen la finalidad de absorber las ondas sísmicas y cuya profundidad es de diez metros. El área total de estas criptas no se ha llegado a determinar aún y se cree posible que exista una comunicación entre sus galerías, el Palacio de Gobierno y la cercana estación de Desamparados.

Hay una cripta a la cual se le conoce con el nombre de cripta de los Venerables, allí reposan los restos de Fray Juan Gómez a quien inmortalizó Ricardo Palma en sus famosas Tradiciones Peruanas, Fray Andrés Corso unos de los fundadores del Convento de los Descalzos y Fray José Mojica, famoso artista mexicano de cine y cantante de ópera, quien falleció en Lima el 20 de Septiembre de 1974.